研究方向除了迎合當時的潮流及需要外，更開拓新的研究方向。成立初期以水田為主，光復後日漸重視旱作生產。民國51年成立「土壤調查暨試驗中心」，積極推動全省耕地土壤調查及土壤肥料之試驗工作，並協助訓練本省土壤肥料技術人員。配合豆科的推廣研究推展生物肥料加上土壤有機質及植物營養之研究。目前，土地利用與改良、資源保育、農業事業廢棄物處理、農企業資材、土壤污染、灌溉水質、環境生態、保育施肥、園藝作物肥培、生物肥料、精緻農業及有機農業等為當今農業及環境的重要問題，且為全國唯一土壤環境科學系。
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